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Étant donné que la fréquence des modifications fortuites y paraissait
constante, quelques chercheurs ont utilisé des systèmes moléculaires en tant
qu’horloges, pour dater la divergence entre des espèces qui présentaient des
affinités. Selon ce procédé, la divergence évolutive pouvait être datée à partir
de la distance génétique quantifiant la ressemblance ou la différence des mo-
lécules analysées. Et puisqu’on avait observé aussi que l’évolution molécu-
laire des premières protéines analysées n’était pas constante, seule une ana-
lyse statistique de très nombreuses protéines pouvait valider un marqueur
temporel assez précis pour être utile. Sur la base de ces prémisses, les tenants
de cette hypothèse ont conjecturé que, pour avoir des informations signifi-
catives sur la phylogenèse par l’horloge moléculaire, il fallait analyser les taux
de changement nucléotidique d’un très grand nombre de gènes, sur une du-
rée éventuellement très longue. Ce qu'ils ont entrepris de faire.
Un autre domaine important d’études en zoologie a concerné la distri-
bution géographique des espèces animales, c'est-à-dire la zoogéographie.
Là, pour chaque espèce (ou groupe taxinomique), on a défini une aire de
distribution géographique, et on s’est efforcé de comprendre les causes
possibles qui l’avaient déterminée. Cette discipline a adopté une approche
combinée, à la fois descriptive et interprétative, permettant de considérer
la présence d’une espèce animale dans une région déterminée comme le
produit de facteurs écologiques (par exemple l’équilibre de cette espèce par
rapport à d’autres espèces, au climat et à la végétation), et aussi de facteurs
bio-historiques (c’est-à-dire la période où s’est produit le peuplement et les
événements éventuellement accidentels qui ont eu lieu).

De plus, à partir des années 1950, l’affirmation de la théorie géologique
de la tectonique des plaques est venue conforter l’hypothèse de la dérive
des continents, avancée en 1912 par Alfred Wegener (1880-1930), mais qui
jusqu’alors n’avait pas été assez considérée comme pertinente. Il en ressor-
tit alors clairement que la configuration actuelle des terres émergées de la
planète était le résultat d’une lente évolution de la croûte terrestre, encore
en cours. Cette théorie a eu un impact dans le domaine géologique, et des
répercussions considérables aussi sur les hypothèses zoogéographiques re-
latives au peuplement faunistique et floristique successif des continents.
Des hypothèses antérieures ont dû être reconsidérées et révisées d’autant.
Parallèlement, l’étude du peuplement des îles, à partir des publications
de Darwin, a pris aussi une importance croissante en zoogéographie. En
effet, les îles pouvaient être considérées comme des laboratoires naturels,
qui permettaient de vérifier les capacités de dispersion et les temps de co-
lonisation de nouveaux habitats par des animaux.

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