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Dans le traitement numérique des ressemblances, on n’y parlait donc
plus d’espèce (notion trop connotée du point de vue évolutionniste), on
préférait utiliser le sigle OTU (Operational Taxonomic Unit). En l’ab-
sence d’hypothèses capables d’expliquer les différents degrés de ressem-
blance ou de différence entre les êtres vivants, donc en l’absence de cas
d’où il serait possible de reconstruire une classification probante, il restait
au zoologiste phénétique ″cladiste″ l’option d’une évaluation quantitative
de ces ressemblances et de ces différences. Cela le conduisait à les traiter
par des moyens informatiques intégrant un grand nombre d’informations
et d’hypothèses sous une forme numérisée. Ce traitement fournissait un
phénogramme, c’est-à-dire un diagramme ramifié qui faisait ressortir des
regroupements définis par niveaux croissants de ressemblance.

Des débats animés qui, à la fin du 20 ème siècle, ont rempli les pages des
plus importantes revues scientifiques internationales sur les positions des
uns et des autres, ont confirmé l’importance que ces recherches systéma-
tiques et taxinomiques avaient pris dans le cadre de la zoologie. La systé-
matique biologique qui a émergé de ces développements n’était plus la
systématique antérieure, qui évoluait dans le cadre de certitudes tran-
quilles. Elle a soulevé de nouvelles interrogations, incluant la définition de
la notion d’espèce, et le choix des méthodes à utiliser dans la reconstruc-
tion des parentés, induisant un nouveau système de classification.
En outre, à côté de la systématique fondée sur une analyse des caractères
morphologiques, des chercheurs ont essayé une introduction progressive,
dans la classification, de données relatives à d’autres types de caractères,
notamment de nature moléculaire (horlogerie moléculaire), qui ont amené
d’autres chercheurs venant d’autres disciplines, comme la biochimie, la bio-
logie du développement, et la biologie moléculaire, à s’intéresser eux aussi
à la systématique. Ce qui a été également facteur de progrès.
En effet, alors que l’analyse phylogénétique s’était jusqu'alors appuyée
sur des connaissances embryologiques, paléontologiques, comportemen-
tales, et écologiques, elle a pu être renforcée ainsi grâce aux progrès de la
biologie moléculaire, et par des méthodes de reconstruction phylogénétique
fondées sur l’étude des molécules, en particulier celles de l’ADN. Ces mé-
thodes s’appuyaient sur l’hypothèse selon laquelle l’accumulation de diffé-
rences dans les systèmes moléculaires, c’est-à-dire le changement dans les
séquences de nucléotides d’ADN, ou d’acides aminés dans les protéines, se
faisait de façon plus ou moins neutre, à la différence de l’évolution des ca-
ractères morphologiques, impactés par les conditions comportementales et
écologiques, et par là soumis davantage à une sélection naturelle.

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