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La nécessité de les ordonner et de les classer se faisant de plus en plus
pressante, vers la fin du siècle, Ulisse Aldrovandi (1522-1605), professeur à
l’université de Bologne, a donc publié une œuvre monumentale en dix vo-
lumes, où il proposait une classification des animaux, divisée en deux grandes
sections, les animaux à sang rouge, et les autres. Une subdivision qui corres-
pondait plus ou moins à celle d’Aristote, encore utilisée à cette époque.
Les 16 et 17 siècles virent ensuite la parution d’autres œuvres mar-
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quantes, parmi lesquelles l’encyclopédie zoologique de Konrad von Ges-
ner (1516-1565) et l’œuvre, scientifiquement moins probante, de J. John-
son (1603-1675). L'une des premières contributions majeures de classifica-
tion fut celle de John Ray (1627-1705), qui, dans un ouvrage de 1693, éta-
blit un schéma de classification fondé sur des critères anatomiques plus
clairs, et qui contribua à mieux définir la notion d’espèce, en introduisant
le critère de descendance commune des individus d’une même espèce.
Au 17 siècle, commencèrent à apparaître de nouvelles disciplines qui
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provenaient directement de la zoologie, à savoir la microbiologie, l’em-
bryologie, et l’histologie. Leurs directions de recherche, renforcées par l’in-
troduction du microscope dans les études naturalistes, affirmèrent une
autonomie justifiée par le travail fécond de grands pionniers scientifiques
de cette époque. Parmi ceux-ci, on peut distinguer le médecin et naturaliste
Marcello Malpighi (1628-1694), auquel on doit la naissance de l’anatomie
microscopique (avec la première étude anatomique complète d’un inverté-
bré, le ver à soie), et on peut distinguer aussi Antony Van Leeuwenhoek
(1632-1723), qui observa des micro-organismes dans des eaux stagnantes,
notamment certains infusoires. On peut y ajouter aussi Francesco Redi
(1626-1698), à qui l'on doit les premières expériences infirmant la généra-
tion spontanée des insectes.
Pour homogénéiser ces diverses contributions, John Ray effectua une
première tentative d’introduction d’un critère naturel de classification,
non pas uniquement fondé sur la seule forme extérieure des organismes
mais aussi sur leur structure anatomique adaptée. Ce critère allait trouver
un prolongement décisif avec Carl von Linné (1707-1778), qui dans son
système, exposé dans une œuvre fondamentale dont la première édition
remonte à 1736, regroupa les espèces semblables en genres, les genres
semblables en classes, et les classes semblables en ordres.
Prolongeant Bauhin, Linné étendait au monde animal une nomenclature
binominale (comme en botanique), où chaque espèce était définie par un
double nom latin, le premier terme indiquant le genre et le deuxième l’espèce.

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