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En fait, l’histoire de cette discipline, qui étudie les plus petits êtres vivants
(bactéries, levures, algues bleues, etc) avait commencé deux cents ans aupa-
ravant, avec l’invention du microscope. Grâce à cet instrument, Antony Van
Leeuwenhoeck (1632-1723), un marchand hollandais passionné de micros-
copie, avait découvert que les minuscules corps en mouvement qu’il voyait
sous sa lentille étaient de très petits animaux, des animalculæ, ou animalcules,
appelés ensuite microbes. Mais il avait fallu attendre deux siècles pour que
ces êtres vivants microscopiques suscitent l’intérêt du monde scientifique.
Au 19 ème siècle, ils avaient alimenté un débat qui avait divisé les savants,
à la fois sur la fermentation, sur la génération spontanée, et sur l’origine
des maladies infectieuses. La fermentation était un processus connu de
transformation de substances contenant des sucres, qui permettait de pro-
duire de l’alcool, du vinaigre et d’autres produits alimentaires. Au début
du 19 ème siècle, on donnait au phénomène de la fermentation deux expli-
cations différentes, l’une chimique et l’autre biologique. Pour les parti-
sans de la première, tels que le chimiste allemand Justus von Liebig
(1803-1873), la fermentation n’était qu’un processus chimique auquel ne
participait aucune forme de vie. Pour les défenseurs de la seconde expli-
cation, il s’agissait en revanche d’un phénomène biologique dont étaient
responsables des organismes vivants. Ces deux théories s’opposèrent
longtemps, avec une prédominance de la théorie chimique, qui affirmait
que son explication était la seule qui puisse faire progresser la science.
La situation changea lorsque Louis Pasteur décida d’intervenir dans
le débat. Son intérêt était à la fois scientifique et utilitaire. En 1854, il
avait été nommé professeur de chimie, et doyen de la toute nouvelle fa-
culté des sciences construite dans la zone industrielle de Lille, afin d’af-
firmer un rapport plus étroit entre la recherche et l’industrie. Les pre-
miers résultats obtenus dans le domaine de la fermentation lactique
avaient déjà amené Pasteur à déclarer que le ferment lactique était un
organisme vivant, son action sur le sucre résultant de son développement
actif. Il avait découvert que cette fermentation produisait toujours non
seulement du dioxyde de carbone et de l’alcool éthylique, mais aussi
d’autres produits tels que de la glycérine, de la cellulose, et de la matière
grasse, et que par conséquent il ne s’agissait pas d’un processus chimique
simple. Selon ses expériences, la fermentation était un processus plus
complexe dû à des organismes vivants, et en particulier à des levures.
Mais d'autres interrogations divisaient les chercheurs : quelle était
l’origine des germes que l’on observait dans les bouillons de matière or-
ganique laissés à l’air ? Et celle des larves qui naissaient dans la viande ?

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