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En effet, l’adaptation semblait résulter d’une variation physiologique de la
fonction des organes, et c'étaient surtout les fonctions physiologiques qui mo-
difiaient l’ensemble. Le morphologique était ainsi subordonné au physiolo-
gique, dans la mesure où la fonction créait l’organe, et la génétique suivait.
Toutefois, l’anatomie comparée d’inspiration darwinienne, pour la-
quelle chaque forme était fonctionnelle dans un objectif adaptatif, suscita
des oppositions. Elle a notamment été accusée de finalisme par un autre
courant de l’anatomie, défini comme structurel (ou déterministe), pour le-
quel c’est au contraire la forme et la structure qui déterminaient la fonction.
Cette querelle a abouti à un ralentissement temporaire de la recherche
en anatomie, provoquant indirectement un désintérêt de chercheurs pour
les écoles qui se bornaient à une simple description classique de l’organisme.

Mais elle a aussi ouvert la voie à de nouvelles orientations dans l'ana-
lyse morphologique, qui ont relancé ensuite de manière plus moderne
l’anatomie. En effet, des chercheurs peu enclins à rester dans le cadre de
questions de principe qui semblaient alors sans solution, étudiaient plus
concrètement quels étaient les causes et les mécanismes qui détermi-
naient les formes, et ils commençaient à utiliser de nouvelles méthodes
expérimentales dans le cadre de leurs recherches.
L’introduction de modifications contrôlées et ciblées dans des organes
pour en suivre les conséquences, en observant les changements, et en ré-
pétant les processus en laboratoire, firent progresser l’anatomie. Cette pra-
tique a été à la base des recherches de Wilhelm Roux (1850-1924), promul-
gateur de ce qu’il appela la mécanique du développement, c’est-à-dire
l’étude des causes des conformations pratiques de l’organisme vivant, uti-
lisant notamment les travaux de Hans Driesch (1867-1941) et de Hans
Spemann (1869-1941) en embryologie.
Une autre orientation a résulté d'études d’anatomie microscopique, et
en a impulsé un développement heureux. En effet, au moyen de micros-
copes de plus en plus puissants, il a été possible d’étudier davantage de
phénomènes concernant la composition intime des structures microsco-
piques, que les microscopes optiques anciens ne pouvaient pas traiter.
C’est ainsi qu’a été ouverte la voie dite ultra-structurelle, par l’explora-
tion des particules submicroscopiques, puis des molécules organiques, ce
qui se développa pleinement à partir des années 1950, avec le perfection-
nement de technologies de microscopie électronique qui rendaient pos-
sible des grossissements jusqu’à deux millions de fois.

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